Abstrak. Metode tabung ganda dan metode membran filter merupakan metode yang digunakan untuk pemeriksaan kandungan Escherichia coli yang terdapat di dalam air minum. Kualitas air minum dalam permenkes 492/Menkes/per/IV/2010 tentang persyaratan kualitas air minum mencantumkan kandungan E. coli di dalam 100 ml sampel adalah nol. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan kandungan E. coli pada air minum isi ulang yang dianalisis dengan metode tabung ganda dan membran filter. Metode yang digunakan yaitu metode observasi dengan desain deskriptif analitik, dilakukan terhadap 28 sampel depot air minum isi ulang di wilayah pusat kota dan sub pusat kota . Data dianalisis dengan uji t dan anova menggunakan SPSS versi 16. Hasil uji t terhadap kandungan E. coli menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan antara metode membran filter dan tabung ganda. Hasil uji anova terhadap kandungan E. coli menunjukkan tidak adanya perbedaan yang signifikan antara wilayah pusat kota dan sub pusat kota baik terhadap wilayah yang telah dipantau maupun yang belum dipantau. Hasil rata-rata kandungan E. coli yang ditemukan dengan metode membran filter yaitu 4,46 CFU/100 ml sampel dan hasil rata-rata kandungan E. coli yang ditemukan dengan metode tabung ganda yaitu 2,64 MPN E. coli/100 ml sampel sehingga metode membran filter merupakan metode yang lebih sensitif dalam mengukur kandungan E. coli pada air minum isi ulang. Abstract. Most probable number and the membrane filter are the method that can be used for analyze of Escherichia coli contained in refill drinking water. Base on Permenkes 492/Menkes/Per/IV/2010 about the Regulations of Drinking Water Quality, content of E. coli in a 100 ml sample is zero. The research aimed to know the differences in the content of E. coli in refill drinking water which were analized by Most probable number method and Membrane filter method. The research used observation method with descriptive analytic design, carried out on 28 samples of drinking water refill depot in city center and downtown area. Data were analyzed by t-test and anova using SPSS version 16. The Results showed that a significant difference between the membrane filter method and most probable number method. Anova test showed no significant difference between the downtown area and the city center either to the region has been monitored or not monitored. The average of E. coli content observed using membrane filter method was 4,46 CFU/100 ml sample and using most probable number method was 2,64 MPN E. coli/100 ml sample. Therefore the membrane filter method was more sensitive than most probable number method for analize the content of E. coli content in refill drinking water.